N° 440 mai 2019

Dévoiler l’arsenal des bactéries de la menace

Pagination : 23-27
Sous-thème : Détection - Identification
Mots-clés : Protéogénomique, génomique, transcriptomique, protéomique, Burkholderia pseudomallei, résistance, antibiotiques, virulence, biomarqueurs, souches.
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Annotation des génomes améliorée par l’incorporation de données protéomiques. Les trois étapes comprennent un assemblage des données de séquençage des génomes et une annotation automatique par des logiciels (étape 1), un appariement sur la séquence nucléotidique des séquences de peptides déterminés par spectrométrie de masse (étape 2), et enfin une validation par le contexte biologique (étape 3).

La protéogénomique est une science qui regroupe les approches omiques telles que la génomique, la transcriptomique et la protéomique et qui a pour objectif d’améliorer la compréhension des systèmes biologiques complexes.

Cet article montre comment l’étude des marqueurs de virulence et d’antibiorésistance chez les bactéries pathogènes peut être améliorée par de telles approches intégratives, en se basant sur Burkholderia pseudomallei comme exemple. En effet, le génome bactérien (génomique), sa régulation transcriptionnelle (transcriptomique) et le phénotype résultant des protéines clés (protéomique) peuvent être aujourd’hui établis pour plusieurs souches, mais toutes ces données complémentaires peuvent surtout être mieux exploitées en synergie pour comprendre la spécificité de chacune de ces souches.

De nouveaux biomarqueurs bactériens spécifiques liés aux caractéristiques de résistance aux antibiotiques ou de niveau de virulence envers leurs hôtes peuvent être définis. De tels biomarqueurs peuvent faciliter un diagnostic plus précoce, et donc une réponse thérapeutique plus adaptée et rapide afin de contrer ces pathogènes.