N° 382-383 février-mars 2014

Les simulations numériques : ouvrir une fenêtre sur le monde moléculaire pour mieux comprendre et agir sur les systèmes biologiques

Pagination : 109-112
Sous-thème : Domaines d'applications
Mots-clés : Simulation moléculaire, systèmes biologiques, dynamique moléculaire atomique, échantillonnage, espace des conformations, chimie théorique.
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Site de fixation prédit de la drogue Nqtrp sur la conformation S1 du trimère Aβ17-42 (d’après Chebaro et al., J. Phys. Chem. B, 2012, 116, p. 8412). Les trois chaines d’Aβ sont représentées par des rubans, les billes jaunes localisent les acides aminés 17, et la drogue est en tout-atome.

Les simulations moléculaires peuvent nous aider à comprendre comment les systèmes vivants fonctionnent. En simulant à l’échelle atomique, elles peuvent compléter l’expérience et fournir des données mécaniques, thermodynamiques et cinétiques.

Ces systèmes sont néanmoins un défi numérique de par l’encombrement cellulaire, leurs dimensions, les échelles de temps à explorer et la précision requise des interactions (champ de forces). Tous ces aspects nécessitent des développements informatiques et algorithmiques.

Cet article décrit les applications les plus excitantes rendues possibles grâce à ces progrès.